การบำบัดด้วย mRNA ยังช่วยให้สามารถควบคุมระดับการแสดงออกของยีนได้มากขึ้น และความสามารถในการปรับแต่งโครงสร้างสามารถให้เภสัชจลนศาสตร์ที่ปรับให้เหมาะสมและเหมาะสมที่สุด น่าเสียดายที่การบำบัดด้วย mRNA มีแนวโน้มที่จะไม่เสถียรในสภาวะทางสรีรวิทยา ผลประโยชน์ชั่วคราว และการสร้างภูมิคุ้มกันที่มีนัยสำคัญ การวิจัยในปัจจุบันกำลังตรวจส อบวิธีการที่เป็นไปได้ในการบรรเทาข้อบกพร่องเหล่านี้ เช่น ระบบนำส่งยาเพื่อต่อต้านความไม่แน่นอนการบำบัดด้วยกรดนิวคลีอิกเทียบกับการบำบัดด้วยโปรตีนการบำบัดด้วยโปรตีนได้รับการสำรวจเช่นกัน แต่เหนือกว่าเทคโนโลยีกรดนิวคลีอิกหลายประการประการแรก การบำบัดด้วยกรดนิวคลีอิกมีราคาถูกกว่าการ บำบัดด้วยโปรตีน ประการที่สอง กรดนิวคลีอิกหลีเลี่ยงการทำซ้ำการดัดแปลงหลังการแปลที่เฉพาะเจาะจง ซึ่งอาจเป็นเรื่องยากมากที่จะรับประกันในการผลิตโปรตีน ในที่สุด โปรตีนบางชนิด เช่น โปรตีนเมมเบรน ไม่สามาร อาร์เอ็นเอ ถสังเคราะห์ในหลอดทดลอง ได้ ซึ่งจำกัดสิ่งที่มีอยู่สำหรับนักวิจัยการบำบัดด้วยโปรตีนทดแทนในการพัฒนาก่อนการรักษาทางคลินิก การใช้ mRNA ในการบำบัดด้วยการทดแทนโปรตีนนั้นมุ่งหมายที่จะจัดการกับโรคโมโนเจนิกผ่านการแสดงออกที่เพิ่มขึ้น และการแทนที่หรือการฟื้นฟูการทำงานของโปรตีนหลัก มักจะมุ่งเป้าที่อวัยวะต่างๆ เช่น ตับ ซึ่งมักเข้าถึงผ่านการแสดงออกของโปรตีนแปลกปลอมที่ปรับเปลี่ยนวิถีของเซลล์ หรือโดยการเสริมโปรตีนพื้นเมืองที่ไม่ทำงานหรือมีการแสดงออกน้อยเกินไป