สเต็มเซลล์ของตัวอ่อนได้มาจากตัวอ่อนระยะแรก ซึ่งเป็นกลุ่มเซลล์ที่ก่อตัวขึ้นเมื่อไข่ได้รับการปฏิสนธิกับสเปิร์มที่คลินิกปฏิสนธินอกร่างกาย เนื่องจากสเต็มเซลล์จากตัวอ่อน สเต็มเซลล์ ของมนุษย์ถูกสกัดจากตัวอ่อนของมนุษย์ จึงมีคำถามและประเด็นต่างๆ มากมายเกี่ยวกับจริยธรรมของการวิจัยสเต็มเซลล์จากตัวอ่อน สถาบันสุขภาพแห่งชาติได้จัดทำแนวทางสำหรับการวิจัยสเต็มเซลล์ของมนุษย์ในปี 2552 แนวทางดังกล่าวกำหนดเซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อนและวิธีที่อาจใช้ในการวิจัย รวมถึงคำแนะนำสำหรับการบริจาคเซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อน นอกจากนี้ หลักเกณฑ์ระบุว่าเซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อนที่สร้างขึ้นโดยการปฏิสนธินอกร่างกายสามารถใช้ได้เฉพาะเมื่อไม่ต้องการใช้ตัวอ่อนอีกต่อไป