ไม่ทราบสาเหตุจากสาเหตุเฉพาะ อย่างไรก็ตาม โดยทั่วไปแล้วจะไม่เป็นเช่นนั้น เนื่องจากเชื้อโรคหลายชนิดที่ทำให้เกิด ลำไส้อักเสบ อาจแสดงอาการคล้ายกัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงต้นของการเกิดโรค โดยเฉพาะอย่างยิ่งเชื้อแคมพิโลแบคเตอร์ ชิเกลลา ซัลโมเนลลาและแบคทีเรียอื่นๆ อีกมากมายทำให้เกิดอาการลำไส้ใหญ่อักเสบเฉียบพลันแบบจำกัดตัวเอง ซึ่งเป็นการอักเสบของเยื่อบุลำไส้ใหญ่ซึ่งมีลักษณะคล้ายคลึงกันเมื่อส่องด้วยกล้องจุลทรรศน์กรณีที่ไม่รุนแรงมักไม่ต้องการการรักษาและจะหายไปหลังจากผ่านไป 2-3 วันในผู้ที่มีสุขภาพแข็งแรงในกรณีที่อาการยังคงอยู่หรือเมื่อมีอาการรุนแรงขึ้น อาจจำเป็นต้องมีการรักษาเฉพาะตามสาเหตุเริ่มแรก ในกรณีที่มีอาการท้องเสีย แนะนำให้เติมของเหลวที่สูญเสียไป และในกรณีที่มีอาการท้องเสียเป็นเวลานานหรือรุนแรงซึ่งยังคงอยู่ อาจจำเป็นต้องให้สารน้ำหรือยาปฏิชีวนะทางหลอดเลือดดำการบำบัดด้วยการรับประทาน เกลือแร่ แบบง่ายๆ(ORS) ทำได้โดยการละลายเกลือ 1 ช้อนชา น้ำตาล 8 ช้อนชา และน้ำส้ม 1 ลูกลงในน้ำสะอาด 1 ลิตรการศึกษาได้แสดงให้เห็นถึงประสิทธิภาพของยาปฏิชีวนะในการลดระยะเวลาของอาการของโรคลำไส้อักเสบจากการติดเชื้อจากแบคทีเรีย อย่างไรก็ตาม การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะมักไม่จำเป็นเนื่องจากระยะเวลาที่จำกัดในลำไส้อักเสบติดเชื้อ