ได้ในผู้ป่วยที่มีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่อง โดยเฉพาะผู้ป่วยที่เป็นโรคภูมิคุ้มกันบกพร่อง (AIDS) หลักฐานบ่งชี้ว่าบุคคลที่มีสุขภาพแข็งแรงจำนวนมากมีเชื้อ Pneumocystis cariniiในปอดใน ปริมาณต่ำ  โปรโตซัว อย่างไรก็ตาม ปรสิตชนิดนี้ก่อให้เกิดโรคปอดบวมที่ร้ายแรงถึงชีวิตได้บ่อยในผู้ป่วยที่มีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่อง เช่น ผู้ที่เป็นโรคเอดส์ Toxoplasma gondii ซึ่งเป็นปรสิตโปรโตซัวที่พบได้บ่อยมาก มักจะทำให้เกิดอาการป่วยในระยะเริ่มต้นที่ค่อนข้างไม่รุนแรง ตามมาด้วยการติดเชื้อที่แฝงอยู่เป็นเวลานาน อย่างไรก็ตาม ผู้ป่วยโรคเอดส์สามารถพัฒนาโรคไข้สมองอักเสบจากท็อกโซพลาสมิกถึงแก่ชีวิตได้ Cryptosporidiumได้รับการอธิบายในศตวรรษที่ 19 แต่เพิ่งรู้จักการติดเชื้อในมนุษย์อย่างกว้างขวางCryptosporidiumเป็นโปรโตซัวอีกชนิดหนึ่งที่สามารถสร้างภาวะแทรกซ้อนร้ายแรงในผู้ป่วยโรคเอดส์ Microsporidiosis ในมนุษย์มีรายงานเพียงไม่กี่กรณีก่อนการปรากฏตัวของโรคเอดส์ ปัจจุบันกลายเป็นโรคติดเชื้อที่พบได้บ่อยในผู้ป่วยโรคเอดส์ เมื่อมีการศึกษาผู้ป่วยโรคเอดส์อย่างละเอียดถี่ถ้วนมากขึ้น มีแนวโน้มว่าการติดเชื้อโปรโตซัวที่หายากหรือผิดปกติอื่นๆ จะได้รับการวินิจฉัย