ในการสั่งจ่ายยาปฏิชีวนะ (หรือยาอื่นใด) ไม่ว่าจะมีข้อบ่งชี้ใด ๆ แก่สตรีที่กำลังตั้งครรภ์ แพทย์จะต้องคำนึงถึงผลเสียที่อาจจะเกิดขึ้นต่อตัวอ่อนและทารกในครรภ์ที่กำลังพัฒนา ยาปฏิชีวนะ สิ่งนี้มีความสำคัญอย่างยิ่งในช่วง 56 วันแรกของการตั้งครรภ์ เมื่อตัวอ่อนที่กำลังพัฒนามีความเสี่ยงสูงสุดต่อผลกระทบของยาที่ทำให้ทารกอวัยวะพิการ หากมีข้อสงสัยใดๆ เกี่ยวกับความปลอดภัยของยา ควรศึกษาข้อมูลอ้างอิงที่เชื่อถือได้ เช่น ข้อมูลอ้างอิงจาก Briggs et al