เป็นเวลาเกือบทศวรรษแล้วที่ผู้พิชิตที่ดื้อด้านจะถูกควบคุมภายใต้อุปราชอันเดรส ฮูร์ตาโด เดอ เมนโดซา (ค.ศ. 1555–61) และไม่นานจนกระทั่งการปกครองของอุปราชFrancisco de Toledo (1569–81) เป็นผู้พยายามควบคุมประชากรพื้นเมืองจำนวนมหาศาลอย่างเป็นระบบ โทเลโดดัดแปลงสถาบันของชนพื้นเมืองตามวัตถุประสงค์ของผู้มีอำนาจในสเปน เขาสั่งให้หัวหน้าเผ่าพื้นเมืองจัดการกิจการของชนพื้นเมืองในท้องถิ่นตามขนบธรรมเนียมและประเพณีของชนพื้นเมือง เปรู  และกำหนดให้พวกเขารับผิดชอบในการเก็บส่วยและจัดหาแรงงานบังคับ ตัวแทนชาวสเปน ( corregidores ) ได้รับการแต่งตั้งให้ปกป้องผลประโยชน์ของทั้งพระมหากษัตริย์และชนพื้นเมืองในชุมชนพื้นเมือง กลัวว่าลูกชายของ Manco Capac II, Túpac Amaruและชาวอินคาที่ “เป็นอิสระ” ที่เหลืออยู่ไม่กี่คนในวิลกาบัมบาและป่าทางเหนือของกุสโกอาจเป็นอันตรายต่อผู้มีอำนาจของสเปน โทเลโดสั่งให้กองทหารสเปนบุกพื้นที่และยึดทูพัค อามารู ซึ่งนำไปสู่การตัดหัวอามารูในกุสโกในปี 1572